La intolerancia a la lactosa la causa su malabsorción. Quienes la padecen producen en el intestino delgado concentraciones bajas de lactasa, la enzima que descompone la lactosa, no pudiendo digerir toda la lactosa que se come o se bebe. La que no se digiere pasa al colon y las bacterias de este, la descomponen y generan fluidos y gases.
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